Na Bahia, a Justiça do Trabalho foi instalada em 20/05/1941 - como Conselho Regional do Trabalho, composto por duas Juntas de Conciliação e Julgamento, e funcionando, inicialmente, na Rua da Argentina, nº 1, Comércio, em Salvador. O número de Juntas foi aumentando gradativamente, na medida em que a demanda de processos também ia crescendo.

Até a Lei 10770/de 2003, o TRT5 foi autorizado a instalar 20 novas Varas do Trabalho, passando a atender todos os municípios baianos. A instalação dessas unidades ocorreu entre 2004 e 2005. Até então, a Justiça Laboral atendia a litígios da área trabalhista em 360 municípios baianos e nos 55 restantes, os juízes de Direito das comarcas atuavam como juízes do Trabalho por disposição legal.

Atualmente, a Justiça do Trabalho na Bahia compreende, na primeira instância, 88 Varas do Trabalho (antigas Juntas de Conciliação e Julgamento), 39 das quais em Salvador. As Varas têm competência para julgar, em sua respectiva jurisdição, os dissídios individuais entre empregados e empregadores e, na forma da lei, outras controvérsias decorrentes da relação de trabalho, bem como os litígios que tenham origem no cumprimento de suas próprias sentenças, competindo ainda executar, de ofício, as contribuições sociais previstas no art. 195, I, "a" e II, e seus acréscimos legais (INSS). Compete também conciliar e julgar os dissídios que tenham origem no cumprimento de convenções coletivas de trabalho ou acordos coletivos de trabalho mesmo quando ocorram entre sindicatos ou entre sindicato de trabalhadores e empregador, na forma da Lei 8.984/95. 

A segunda instância é composta por 29 (vinte e nove) desembargadores togados e vitalícios, que são nomeados pelo Presidente da República. Julgam recursos ordinários contra decisões de Varas do Trabalho, agravos de instrumento, ações originárias (dissídios coletivos de categorias de sua área de jurisdição - sindicatos patronais ou de trabalhadores organizados em nível regional), mandados de segurança, ações rescisórias de decisões suas, das Varas ou Juízos de Direito investidos da jurisdição trabalhista.

Para racionalizar sua atuação e tornar mais eficiente a prestação jurisdicional, o TRT da Quinta Região se divide em Tribunal Pleno, Órgão Especial, uma Seção Especializada em Dissídio Coletivo, duas Seções Especializadas em Dissídios Individuais (I e II) e cinco Turmas, além do Juízo de Conciliação de Segunda Instância, que realiza acordos em torno de precatórios e de processos que tramitem no Tribunal.